Chính quyền Việt Nam Cộng hòa sau 5 năm xây dựng dưới quyền Tổng thống Ngô Đình Diệm đã dần vững mạnh. Các thế lực đối lập đều bị trấn áp mạnh và bị suy giảm ảnh hưởng. Nhóm quân sự Bình Xuyên bị tiêu diệt, các nhóm quân sự khác của các giáo phái Cao Đài, Hòa Hảo; lực lượng vũ trang của các đảng phái Đại Việt, Quốc dân Đảng đều bị giải tán và sáp nhập vào Quân đội Việt Nam Cộng hòa.

Để đảm bảo vị thế quyền lực của mình, Ngô Đình Diệm chủ trương kềm chế các phe phái chính trị đối lập cũng như ảnh hưởng từ phía nước ngoài như Mỹ, Pháp. Điều này giúp ông có thể tập trung sức mạnh để đương đầu với đối thủ mà ông cho là nguy hiểm nhất: Cộng sản miền Nam, nhóm chính trị và quân sự tuy bề ngoài không hoạt động hoặc hoạt động rời rạc, nhưng thực tế chịu sự chỉ đạo thống nhất của Xứ ủy Nam Bộ. Nhất là khi Nghị quyết Trung ương Đảng Lao động Việt Nam thứ 15 đã chỉ đạo Xứ ủy Nam Bộ chuyển hình thái từ đấu tranh chính trị sang đấu tranh vũ trang.

Tuy nhiên, quan điểm này của Ngô Đình Diệm không được những người đối lập tán đồng. Họ liên tục công kích chính sách độc tài chính trị cũng như những thất bại về quân sự, mà nổi bật nhất là Phong trào Đồng khởi tại Bến Tre và Trận tập kích Tua Hai tại Tây Ninh cuối tháng 1 năm 1960, đều được thực hiện dưới sự chỉ đạo của Xứ ủy Nam Bộ.

Cuộc đảo chính được Trung tá Vương Văn Đông, một sĩ quan người miền Bắc từng tham gia chiến tranh chống Việt Minh, chỉ huy. Đông sau này được huấn luyện ở Kansas, Hoa Kỳ và được các cố vấn quân sự Mỹ đánh giá cao. Đông viện cớ chế độ của Ngô Đình Diệm chuyên quyền và can thiệp liên tục vào quân đội là cơ sở chính cho sự bất bình của mình. Ngô Đình Diệm đã bổ nhiệm những quan chức trung thành với mình hơn là những người có tài năng và khiến cho các quan chức cấp cao mâu thuẫn lẫn nhau để tránh khỏi bị họ đoàn kết chống lại mình. Nhiều năm sau cuộc đảo chính, Đông đã khẳng định rằng ông ta chỉ muốn Diệm cải thiện chế độ của mình.

Đại tá Nguyễn Chánh Thi, một chỉ huy của cuộc đảo chính khẳng định "Tuyệt nhiên không có sự nhúng tay của ngoại quốc, dù xa hay gần, dù trực tiếp hay gián tiếp, dù vật chất hay tinh thần. Tôi xin cam đoan rằng không một người ngoại kiều nào được biết đến cuộc đảo chính này trước khi tiếng súng nổ." còn William Colby sau này thừa nhận có một số sĩ quan Mỹ đến sở chỉ huy quân dù gần dinh Độc Lập quan sát trận chiến để báo cáo tình hình với ông[1]. Khi Ngô Đình Nhu biết được điều này, ông chỉ trích William Colby "Nước nào cũng chơi trò tình báo… nhưng không một nước nào kể cả chúng tôi có thể chấp nhận việc một nước khác nhúng mũi vào quyền hành và tiến trình chính trị của mình" rồi đưa ra bằng chứng về việc một viên sĩ quan Mỹ gặp phe chống đối tham gia bàn kế hoạch đảo chính quân sự. Colby phủ nhận sĩ quan đó không phải người của CIA nhưng do người sĩ quan bị đe dọa thủ tiêu nên ông đồng ý trục xuất người đó về nước. Một nhân vật dân sự khác là Hoàng Cơ Thụy tham gia vào cuộc binh biến ngày 11/11/1960 do cung cấp tin tức cho CIA cũng có nguy cơ bị bắt nên được CIA lén đưa ra nước ngoài.[2][3]